A volte, il backup a livello di hypervisor non è possibile a causa delle limitazioni dei prodotti di virtualizzazione.
VMware vSphere non supporta gli snapshot di macchine virtuali a tolleranza di errore, dischi indipendenti e dischi RDM (Raw Device Mapping) in modalità compatibilità fisica.
Microsoft Hyper-V non fornisce al sistema host il controllo dei dischi pass-through. Di conseguenza, il provider di copie shadow software Microsoft non è in grado di fornire all'Agente per Hyper-V snapshot di dischi pass-through.