Il BIOS contiene un'utilità di configurazione integrata per l'impostazione iniziale del computer. Per accedervi è necessario premere una certa combinazione di tasti (CANC, F1, CTRL+ALT+ESC, CTRL+ESC, o altre combinazioni, a seconda del BIOS) durante la sequenza POST (power-on self test), che inizia subito dopo avere acceso il computer. Normalmente il messaggio che indica la combinazione di tasti richiesta viene visualizzato durante il test di avvio. Premendo questa combinazione si passerà al menu dell'utillità di configurazione inclusa nel BIOS.
Il menu può essere diverso nell'aspetto e nei gruppi di elementi e nei loro nomi, a seconda del produttore del BIOS. I produttori più noti di BIOS per schede madri di PC sono Award/Phoenix e AMI. Inoltre, mentre gli elementi del menu di configurazione standard sono per la maggior parte gli stessi nei diversi BIOS, gli elementi della configurazione estesa (o avanzata) dipendono più che altro dal computer e dalla versione del BIOS.
Tra le altre cose, il menu del BIOS consente di impostare l'ordine di avvio.
Il BIOS del computer consente di avviare i sistemi operativi non solo dai dischi rigidi, ma anche da CD-ROM, DVD-ROM e altri dispositivi. La modifica dell'ordine di avvio potrebbe essere necessaria, ad esempio, per rendere il dispositivo di ripristino (CD, DVD o dispositivo USB) la prima periferica di avvio.
Se nel computer sono installati diversi dischi rigidi etichettati come C:, D:, E:, ed F:, è possibile impostare l'ordine di avvio in modo tale che il sistema operativo, per esempio, venga avviato dal disco E:. In questo caso, sarà necessario impostare l'ordine di avvio in questo modo: E:, CD-ROM:, A:, C:, D:.
Questo non significa che l'avvio è eseguito dal primo dispositivo dell'elenco; significa solamente che il primo tentativo di avviare il sistema operativo sarà eseguito da questo dispositivo. Potrebbero non essere presenti sistemi operativi sul disco E: o il sistema potrebbe anche essere inattivo. In questo caso, il BIOS interroga il dispositivo successivo nell'elenco.
Il BIOS numera i dischi secondo l'ordine in cui sono stati collegati ai controller IDE (master primario, slave primario, master secondario, slave secondario); quindi passa ai dischi rigidi SCSI.
Quest'ordine è interrotto se viene modificato l'ordine di avvio nella configurazione del BIOS. Se, per esempio, viene specificato che l'avvio deve essere eseguito dal disco rigido E:, la numerazione inizia con il disco rigido che normalmente sarebbe il terzo (di solito il master secondario per i dischi rigidi IDE).
Alcune schede madre dispongono di un menu di avvio che è possibile aprire premendo un determinato tasto o una combinazione di tasti, ad esempio, F12. Il menu di avvio consente la selezione del dispositivo di avvio da un elenco di periferiche di avvio senza modificare la configurazione del BIOS.