Per impostazione predefinita, il volume ripristinato avrà lo stesso file system del volume originale. È possibile modificare il file system del volume durante il ripristino, se necessario.
Acronis Backup è in grado di eseguire le seguenti conversioni del file system: FAT16 -> FAT32 e Ext2 -> Ext3. Per volumi con altri file system nativi, questa opzione non è disponibile.
Supponiamo di voler ripristinare un volume da un disco FAT16 obsoleto a capacità ridotta in un disco nuovo. FAT16 non sarebbe efficace e potrebbe essere persino impossibile da impostare sul disco rigido ad alta capacità. Questo avviene perché FAT16 supporta volumi fino a 4 GB, pertanto non sarà possibile ripristinare un volume FAT16 di 4 GB in un volume che supera quel limite senza modificare il file system. In questo caso avrebbe senso modificare il file system da FAT16 a FAT32.
I sistemi operativi più vecchi (MS-DOS, Windows 95 e Windows NT 3.x, 4.x) non supportano FAT32 e non funzioneranno dopo avere ripristinato un volume modificandone il file system. Questi possono essere ripristinati normalmente solo su un volume FAT16.