ファイルのバックアップに関するセキュリティ設定を指定することができます（これらの設定が関係するのはファイル/フォルダのバックアップだけです）。
デフォルトでは、ファイルとフォルダは元の Windows セキュリティ設定（ファイルの [プロパティ] -> [セキュリティ] で設定される、各ユーザーまたはユーザー グループに与えられる書き込み、読み取り、実行などの許可）と共にバックアップに保存されます。セキュリティで保護されたファイルまたはフォルダをコンピュータ上でリカバリしようとしているユーザーに、アクセス許可が与えられていない場合は、そのファイルの読み取りや変更ができなくなる可能性があります。
このような問題を回避するため、バックアップの際にファイルのセキュリティ設定を保存するのを無効にすることができます。このようにすれば、リカバリされたファイル/フォルダのアクセス許可は常に、リカバリ先のフォルダ（親フォルダ、ルートにリカバリされる場合は親ディスク）から継承されます。
または、ファイルのセキュリティ設定をリカバリ時に無効化できます。これは、ファイルのセキュリティ設定がバックアップに保存されている場合でも可能です。結果は同じになります。
Windows XP 以降のオペレーティング システムで利用可能な暗号化機能を使用しない場合は、このオプションは無視してください。ファイル/フォルダの暗号化を設定するには、[プロパティ] -> [全般] -> [詳細設定] -> [内容を暗号化してデータをセキュリティで保護する] の順に選択します。
これらのオプションは、ファイルやフォルダのバックアップのみに関係します。また、これらは zip バックアップには利用できません。