Domyślnie odzyskany wolumin będzie miał ten sam system plików co wolumin oryginalny. Jeśli jest to konieczne, w trakcie odzyskiwania można zmienić system plików woluminu.
Program Acronis Backup umożliwia następujące rodzaje konwersji między systemami plików: FAT 16 -> FAT 32 oraz Ext2 -> Ext3. W przypadku woluminów z innymi macierzystymi systemami plików ta opcja jest niedostępna.
Załóżmy, że wolumin ze starego dysku o małej pojemności z systemem plików FAT16 chcemy odzyskać na nowszy dysk. System plików FAT16 nie będzie skuteczny, co więcej — jego ustawienie na dysku twardym o dużej pojemności może okazać się niemożliwe. Wynika to z faktu, że system plików FAT16 obsługuje woluminy o maksymalnej wielkości 4 GB, zatem bez zmiany systemu plików odzyskanie woluminu FAT16 o wielkości 4 GB na wolumin przekraczający ten limit jest niemożliwe. W tej sytuacji zaleca się zmianę systemu plików z FAT16 na FAT32.
Starsze systemy operacyjne (MS-DOS, Windows 95 i Windows NT 3.x, 4.x) nie obsługują systemu plików FAT32 i nie będą działały po odzyskaniu woluminu i zmianie jego systemu plików. Można je zwykle odzyskać tylko na wolumin z systemem plików FAT16.