常見限制
如果您使用密碼保護存檔，就無法執行重複資料刪除。受密碼保護的存檔，其資料區塊會以儲存於非重複資料刪除儲藏庫中的形式儲存於備份中。
如果您想要保護存檔，同時也希望能夠對存檔進行重複資料刪除，請不要以密碼保護存檔，而改為使用密碼加密重複資料刪除儲藏庫本身。您可以在建立儲藏庫時設定密碼加密。
磁碟層級備份
如果磁碟區的配置單位大小 (也稱為磁簇大小或區塊大小) 不能被 4 KB 整除，軟體就不會對磁碟區塊執行重複資料刪除。
提示：大部分 NTFS 和 ext3 磁碟區的配置單位大小為 4 KB。因此您可以對這類磁碟區進行區塊層級的重複資料刪除。其他允許區塊層級重複資料刪除的配置單位大小包括 8 KB、16 KB 和 64 KB 等。
檔案層級備份
如果檔案經過加密，且備份選項中的 [在存檔中以解密狀態儲存加密檔案] 核取方塊為清除狀態 (預設為清除)，軟體將不會對檔案執行重複資料刪除。
重複資料刪除和 NTFS 資料流
在 NTFS 檔案系統中，一個檔案可能有一或多個相關聯的其他資料集，這通常稱為替代資料流。
備份這類檔案時，其替代資料流也會一併獲得備份。但是，即使檔案本身經過重複資料刪除處理，軟體也不會對替代資料流執行重複資料刪除。